Crosslinkingul cornean se realizează într-un mediu steril, în sala de operații, pacientul fiind anesteziat local cu picături, întins, acoperit cu un camp steril și cu un fixator de pleoape montat pentru a expune corneea în mod corect și uniform pe toată durata tratamentului. În prima parte a tratamentului se instilează pe suprafața corneei , pe rând, uniform și cronometrat conform indicațiilor producătorului, două substanțe cu concentrație diferită de riboflavină ce va pătrunde în cornee uniform. În a doua parte a tratamentului, privind fix în lumina aparatului, pacientul va fi expus razelor UV , sub acțiunea cărora, în prezența riboflavinei instalate în prealabil, se va realiza procesul efectiv de crosslinking cornean accelerat. Toate aceste etape se realizează în aproximativ 15 minute.

Aparatul de cross-linking cornean folosit în clinica noastră este al companiei Avedro. Procedura de cross-linking este non-invazivă și combină utilizarea luminii ultraviolete cu sistemul KXL® și formule de riboflavină Photrexa.Folosind Photrexa® Viscous (riboflavină 5′-fosfat în 20% soluție oftalmică dextran), Photrexa® (soluție oftalmică 5-fosfat riboflavină) și Sistemul KXL®, procedura de cross-linking cornean Avedro este prima și singura procedură terapeutică aprobată de FDA (Food and Drug Administration – agenția federală a Departamentului pentru Sănătate și Servicii Umane din Statele Unite) pentru pacienții cu keratoconus progresiv sau ectazie corneeană. Procedura este efectuată fără necesitatea îndepărtării epiteliului cornean, astfel că vindecarea și confortul postintervențional sunt mult mai rapide, comparativ cu variantele clasice de cross-linking, care implică îndepărtarea acestui strat cornean. Această metodă se bazează pe lumina pulsată, de ultimă generație, a cărei eficiență scade considerabil durata tratamentului și expunerea țesuturilor oculare la radiațiile ultraviolete.

La sfârșitul tratamentului, se va aplica o lentilă de contact terapeutică, în ciuda faptului că nu s-a realizat dezepitelizarea corneană și se vor instila o serie de picături și unguent. Pacientul nu este nevoit sa mai rămână sub supraveghere medicală, el va pleca din clinică fără pansament, cu schema de tratament ce se va iniția chiar din seara aceleiași zile  și va veni la un control scurt a doua zi de dimineață. Peste câteva zile se va scoate lentila de contact terapeutică , se va monitoriza aspectul cornean, iar pacientul va fi nevoit sa continue tratamentul topic încă două săptămâni. 

Se descriu în primele zile după intervenție, ușoare simptome precum  vederea încețoșată, durere, senzație de corp străin, care se vor remite cu aplicarea tratamentului recomandat.

Cross-linkingul cornean este o procedură sigură, cu complicații și rate de eșec scăzute, dar în anumite situatii pot apărea, deși foarte rar, anumite complicatii ca de exemplu: infecții oculare, ulcer cornean, edem cornean, afectări ale endoteliului cornean, infiltrate corneene periferice, cicatrici corneene, reactivarea keratiteti herpetice.